Dejan Ljubicic wurde im Nachwuchsbereich von Rapid Wien ausgebildet und in der U17 zum Junioren-Nationalspieler Österreichs. In der Saison 2017/18 spielte er auf Leihbasis beim 1. Wiener Neustädter SC. Nach der Rückkehr zu seinem Heimatverein entwickelte sich der ehemalige U21-Nationalspieler zum Stammspieler, absolvierte für Rapid Wien 126 Spiele, erzielte acht Treffer und bereitete zehn Tore vor.
Zur Saison 2021/22 verpflichtete der FC den österreichischen Nationalspieler, der vor seinem Wechsel zum FC zunächst noch einen zweimonatigen Wehrdienst bei der österreichischen Armee absolvierte. Im Zuge eines Länderspiels mit Österreich gegen Frankreich tauschte der Mittelfeldspieler das Trikot mit Kilian Mbappe. Das Tor im Derby gegen Borussia Mönchengladbach im April 2022 ist für Ljubicic einer seiner schönsten Treffer.